Prof.Dr.Necil Kütükçüler, Ekim 2008-Ekim 2011 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinin Başhekimliğini yapmıştır.
Prof.Dr.Necil Kütükçüler 3 yıl olan görevlendirme süresinin ardından Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalındaki görevine dönmüş, ek olarak mesai saatleri dışında özel çalışmaya başlamıştır.